Събития

Корпус 2, Зала 702

Организатор:
департамент „Информатика“

Лектор:
доц. д-р Методи Трайков

Модерните Next-Generation Sequencing (NGS) техники не са в състояние да генерират цяла геномна последователност. Вместо това NGS  техниките генерират милиарди къси ДНК последователности, наречени reads. Сглобяването на геном (Genome assembly) е предизвикателна изчислителна задача, състояща се в реконструиране на пълна геномна последователност от фрагментирани сурови данни (така наречените reads). Това е сложна процедура, която е съставена от три основни стъпки:
1.    генериране на контиги (contigs), които са дълги съседни ДНК секвенции, получени от припокриване на reads;
2.    ориентация и подреждане на тези контиги, така наречения scaffolding;
3.    запълване на празнините.
Целта е да се намери правилна подредба и ориентация на всеки контиг, с цел да се свържат заедно в scaffolds (последователност от контиги, които се припокриват или са разделени от празнини с определена дължина). Информацията за празнините се генерира по време на секвенцията въз основа на така наречените
paired-end или mate-pair reads. Също така е налична информация за разстоянието, свързано с празнините.
По време на семинара, ще се разгледа така наречения contig graph, който кодира информация за контигите и разстоянията между тях, и представя scaffolding и gap-filling, като намиране на най-дълъг път в този граф, така че да се удовлетворят колкото е възможно повече mate-pairs разстояния.

Доц. д-р Методи Трайков е завършил бакалавърска програма през 2012 г., а през 2013 г. магистърска програма по Информатика (4.6. „Информатика и компютърни науки”) в Природо-математически факултет на Югозападен университет „Неофит Рилски”. През 2017 г. защитавадисертация на тема „Математически модели и алгоритми за предсказване на пространствената структура на протеини” в професионално направление 4.6. Информатика и компютърни науки 4.6. Информатика и компютърни науки отново в Югозападен университет „”Неофит Рилски. От 2013 до 2019 е асистент в катедра „Информатика” към Природо-математически факултет на Югозападен университет Неофит Рилски. От 2019 г. е щатен преподавател в департамент „Информатика” на Нов български университет.

Водя лабораторни упражнения по дисциплините „Програмиране”, „Обектно-ориентирано програмиране”, „Структури от данни”, „Програмиране и дискретна математика”, „Програмиране на Java” и чете лекции в магистърски курс по „Увод в алгоритмите и програмирането”. Също така от 2019 г. води лекции по „Website Development”, „Basics in C# Programming” и „Programing in Python”, като гост-преподавател в Американски университет в България.

Научните му интереси са в областта на биоинформатиката, а именно изследване на пространствената структура на протеините, както и оптимизационни алгоритми и оптималност на генетичния код.